안녕하세요.
연간시수자동맞추기 기능에서 가능하면 시간표가 변경되지 않아야 하는 과목 기능은 사실상 의미가 없다고 보시면 됩니다.
이것은 학교기준보다 실제 수업을 많이 하는 경우에 작동하는데
요즘 특히 경기도같은 경우에는 교육청에서 학교기준과 실제수업시간을 정확하게 일치시켜도록 요구를 하고 있습니다.
물론 이러한 방침이 맞습니다.
따라서 학교기준과 실제수업하는 시간이 딱 맞는 경우에는 어쩔 수 없이 모든 과목의 시수를 조정해서 학교기준과 맞게 조절해야되기 때문에
사실상 의미가 없는 기능입니다.  모든 과목이 조절된다고 보시면 됩니다..

연간시간표자동맞추기를 할때 학교 자율과목이나 특정 과목의 시간이 변경되지 않도록 하는 방법은
교과진도표에서 해당과목의 모든 진도표를 쭉 선택해서 오른쪽 마우스를 눌러서 <날짜-진도> 고정하기를 해놓으면
자동맞추기를 하면 안변합니다.
감사합니다.